O Conselho do CEPPAG é o órgão superior de decisão ao nível do Centro. O Conselho é    responsável por aprovar a agenda de investigação, o orçamento e o relatório anual do CEPPAG. As seguintes entidades têm assento no Conselho do CEPPAG:

• Ministério da Agricultura e Segurança Alimentar;

• Ministério da Economia e Finanças;

• Ministério da Indústria e Comércio;

• Banco de Moçambique;

• Autoridade Tributária de Moçambique;

• Instituto de Investigação Agrária de Moçambique;

• Faculdades de Agronomia e Engenharia Florestal , Economia, e Veterinária da UEM;

• Representante dos Camponeses (União Nacional dos Camponeses - UNAC);

• Sector Privado (Confederação das Associações Económicas - CTA);

• Parceiros de Desenvolvimento.